Le site Web de la base de données
Le projet de base de données ResistVir
Résistances génétiques aux virus des plantes et à leurs vecteurs
Objectifs :
L'un des principaux objectifs du projet ResistVir est de créer une base de données en ligne décrivant les activités de recherche sur les résistances des plantes aux virus pathogènes et leurs vecteurs dans les cultures européennes. Les méthodes, techniques et ressources pouvant contribuer au contrôle des virus des plantes et de leurs vecteurs sont aussi enregistrés dans cette base. Elle fournit des informations sur les dernières avancées relatives au contrôle des virus pathogènes des plantes et leurs vecteurs. Ce projet contribuera à améliorer la coopération entre les chercheurs européens et entre les organisations de recherche et les entreprises, y compris les PME.
Conduite et développement du projet :
A chaque assemblée du Consortium ResistVir, les orientations générales du projet et sa progression sont discutées par les participants. Ainsi le Consortium peut-il contrôler et définir le cadre de son développement.
Un Comité de Pilotage de la base de données a été constitué. Ses membres discutent et valident les principales décisions concernant la conception et le développement de la base de données et du site Web qui lui est dédié.
La base de données et le site web dédié sont conçus et réalisés par l'INRA. Cette tâche est située sur le Centre INRA de Recherches d'Avignon et réalisée par l'unité de recherches GAFL.
La base de données et le site web dédié sont installés sur un serveur Linux administré par l'Equipe Informatique de Centre du Centre INRA de recherches d'Avignon.
Origine des données :
Données de référence :
Les codes ISO sont utilisés pour les pays et les langues.
Plusieurs vocabulaires structurés et contrôlés externes sont utilisés :
- La classification indicative des cultures (ICC) développée par la FAO est utilisée pour identifier les cultures.
- Taxinomie des virus : toutes les espèces de virus des plantes sont enregistrées. L'origine des données est le site web de l'ICTVDB.
- Taxinomie des plantes hôtes et des vecteurs : seuls les plantes et les vecteurs étudiés sont enregistrés. L'origine des données est la base de données du NCBI.
- Plusieurs listes de valeurs spécifiques au projet ont été créées et mises à jour chaque fois que cela s'est avéré nécessaire.
Données sur les recherches :
L'origine de la plupart des données enregistrées dans la base est le remplissage de questionnaires par les personnes directement impliquées dans les recherches menées en Europe sur les virus pathogènes des plantes et leurs vecteurs.
Ces questionnaires ont été conçus pour permettre aux équipes de recherche de faire connaître leurs activités au public à travers cette base de données. Ils peuvent être utilisés pour décrire de nouvelles données ou pour les mettre à jour (les modifier ou les supprimer). Les personnes qui remplissent les questionnaires sont considérées comme étant responsables de l'exactitude des informations.
Outils :
La base de données et le site web dédié sont hébergés sur un serveur Linux administré par l'INRA et réalisés principalement avec des outils ouverts ou libres. Parmi ceux-ci :
- SGBDR : PostgreSQL
- Outil de modélisation UML : Poseidon for UML développé par Gentleware
- Langage de programmation : Python
- HTTP server : Apache
Calendrier :
- Février 2005 (réunion de Rome) : présentation sommaire et discussion du projet de base de données
- Juillet 2005 (réunion d'Ankara) : présentation et discussion du projet et du questionnaire (version 0.4)
- Février 2006 (réunion d'Alicante) : présentation et discussion du questionnaire (version 0.7) et de la maquette du site web
- Mars 2006 : validation du questionnaire (version 1.0) et diffusion aux membres du Consortium
- Avril 2006 : création de la base de données et premiers chargements de données
- Juillet 2006 (réunion d'Helsinki) : présentation et discussion de la collecte des questionnaires et premier bilan de la base de données
- Septembre 2006 : ouverture du site web dédié à la base de données (version initiale avec quelques premiers résultats)
- Décembre 2006 : livraison prévue de l'interface de consultation interactive de la base de données
- Février 2007 : livraison prévue de fonctions supplémentaires de consultation